Olá,
O arquivo msi não deve ser incluído no projeto de instalação, mas sim instalado manualmente na máquina de destino.
Use módulos de combinação (msm), que devem ser incluídos no projeto de instalação e implementação e não precisam ser instalados manualmente.
Consulte a seção 'Implementação' do [Guia do desenvolvedor do SDK .Net CR 2008](http://help.sap.com/businessobject/product_guides/boexir31/en/crsdk_net_dg_12_en.chm), o que esclarecerá as coisas.
Para baixar corretamente, consulte este [link](http://wiki.sdn.sap.com/wiki/pages/viewpage.action?pageId=56787567).
Espero que isso ajude,
Bhushan.