El proceso que conozco y utilizo para SAP BO 2007 es el siguiente:
Gestión de bancos
Extractos bancarios y conciliaciones externas
Tratar estados de cuenta externos (selecciona la cuenta contable del banco que deseas conciliar y este módulo carga los datos del banco, como estado de cuenta, débitos y créditos. Ten cuidado, dado que el débito en un banco es un crédito para la contabilidad. Incluye fechas y saldos finales, siendo una copia idéntica al estado de cuenta bancario).
Cuando ya tengas cargado el estado de cuenta bancario con saldos finales idénticos (estado de cuenta con SAP), solo queda hacer la conciliación. Para ello, utiliza el módulo de Reconciliación. Luego selecciona la cuenta contable del banco (la misma en la cual cargaste el estado de cuenta bancario). Te aparecen tres módulos: uno Manual (no recomendado si el movimiento de la cuenta es bastante), el Automático (puedes utilizarlo si lo relacionas con alguna referencia entre SAP, como totales o número de cheque) y el Semiautomático. Por último, coloca la fecha a la cual deseas conciliar. Una vez seleccionado todo lo anterior y le des a Reconciliar, aparecerá una pantalla dividida en cuatro partes donde comienza la conciliación. En la parte superior izquierda se muestran los datos contables (por ejemplo, cheques, notas de débito y crédito, depósitos, etc.), y en la parte superior derecha se muestra el estado de cuenta bancario (el cargado en el módulo de Tratar estados de cuenta externos). Para conciliar, selecciona un cheque (por ejemplo) del lado contable haciendo doble clic sobre él o seleccionándolo con las fechas que aparecen en medio de las cuatro pantallas. Por último, selecciona "reconciliar" y listo, ya estás conciliando.
Por último, solo queda que realices un layout para ver el resultado final de la conciliación.
Espero que esta explicación te sea de ayuda, y si alguien conoce otro método, espero que lo puedan compartir.
Saludos