Olá.
A empresa utiliza intencionalmente ou permite saldo negativo de estoque?
Quando configurado dessa forma, pode causar esse efeito. Por exemplo, se houver estoque maior que zero em um dos armazéns associados ao item (por exemplo, o 01), e depois fizerem uma transferência ou saída de outro armazém diferente (onde não há estoque, como o 02), o estoque no 01 permanece o mesmo, mas se torna negativo no 02. A soma de todos os armazéns reflete o estoque real, mas pode haver um saldo negativo em um ou mais armazéns.
Está enfrentando essa situação?