Si verificaste el archivo en AL11, el carácter # podría ser un salto de línea (LF) o un retorno de carro + salto de línea (LF). El informe de salida no puede mostrar estos caracteres y en su lugar muestra el # (que es un carácter de reemplazo). Si este es el caso, no es necesario eliminar el #.
De lo contrario, como sugirió Vinod, el remitente está enviando explícitamente # al final de cada línea en el archivo.
Atentamente,
Suhas