Olá Vivek,
Acredito que você pode fazer o seguinte:
Nomear todos os tipos de banco de acordo com o código da empresa. Se você tiver códigos de empresa 1000 e 2000, então deve nomear todos os tipos de banco como 1000 e 2000. Provavelmente terá que escrever um pequeno programa para fazer essa alteração para muitos fornecedores.
Depois disso, você deve configurar uma substituição que simplesmente insira o valor do código da empresa no campo do tipo de banco durante a contabilização.
Espero que isso ajude.
ec