Hola Varun,
Depende de cómo estés obteniendo tu PDF de S4hana. En caso de que esté llegando como un adjunto SOAP, escribe un script para establecer el adjunto como cuerpo y luego utiliza el paso de decodificación Base64 antes de enviarlo al servidor FTP.
Saludos ,
Sriprasad Shivaram Bhat