Parece que o que você está explicando está um pouco complicado, mas vou te explicar o procedimento.
O fechamento contábil é feito em Gestão -> Utilidades -> Fechamento de Período.
Você precisa parametrizar duas contas, na primeira vai a conta de lucro ou prejuízo do exercício, na segunda vai uma conta ponte (de patrimônio) que pode ser a mesma que o lucro do exercício. Eu pessoalmente prefiro que sejam diferentes, mas depende de cada um. Esta conta ponte no final deve ficar zerada.
Primeiro você fecha todas as contas de resultado.
Depois você executa novamente com os parceiros de negócios e as contas de balanço.
É importante as datas que são colocadas: No saldo final coloque 31/12 do ano a ser fechado e no saldo de abertura coloque 01/01 do ano seguinte.
É importante que em uma das referências vá a mesma observação tanto no saldo de fechamento quanto no de abertura.
Além disso, é aconselhável fazer tudo em um banco de dados de teste e garantir que as contas de existência estejam de acordo com o que diz o kardex. Que o balanço e o demonstrativo de resultado antes do fechamento entreguem o mesmo lucro ou prejuízo.
Isso é entre outras coisas, mas com isso você já deve ter metade do caminho percorrido.