Olá,
Como mencionou Mauricio, você pode realizar um inventário físico e ajustar o estoque.
Você deve ter em mente que o estoque diminui quando são feitas entregas/remessas ou faturas de venda (é possível que o item tenha sido entregue fisicamente, mas não faturado), também é possível fazer saídas diretas do estoque.
Saudações.
JAMS