Olá Chinho,
Na versão 2007, você não pode cancelar nenhuma conciliação feita automaticamente pelo sistema. Se você tiver um pagamento baseado em uma fatura, essa é uma conciliação do sistema. Para cancelar isso, você deve cancelar o pagamento. Portanto, o status do documento da fatura volta para 'Aberto' e a conciliação é cancelada.
Tudo de melhor,
Kerstin