Hola Cristóbal
Una vez que han sido grabadas en SAP, no puedes eliminarlas, ya han quedado guardadas con sus folios, si tú alteras alguna tabla directamente, perderías la garantía del producto.
Lo que deberías hacer es la cancelación con Notas de crédito, te sugiero que en una base de pruebas, realices las notas de crédito, con un total de 0.001 ya que no te dejará hacer notas en cero, después puedes reconciliar esos pequeños importes con algún otro documento.
Pero definitivamente una vez que las facturas han sido guardadas en tu sistema real, no puedes eliminarlas.
Saludos