Según tu mensaje, este sería el query que podría funcionarte:
select
DocEntry
, Quantity
, CASE
WHEN Quantity > '1' then (LineTotal / Quantity)
WHEN Quantity = '0' then (LineTotal * 1)
else '0' END 'Precio Unitario CLP'
, LineTotal 'Total Linea CLP'
, Price 'Precio Unitario EX'
, convert(decimal(19,2),TotalFrgn) 'Total Linea EX'
from INV1
También faltaba una coma entre DocEntry y Quantity.
Si no es lo que esperas, sería útil que compartieras un ejemplo del resultado que esperas desde Excel u otro editor con columnas.
¡Saludos y buena suerte!
JC