Hola...
Según entiendo, y reiterando lo ya señalado, no existe posibilidad vía plantilla de cargar los factores.
Ahora, más allá de cualquier otro análisis que se pudiese hacer, se me ocurre lo siguiente:
Para el punto 1, se me ocurre que podrías crear un campo de usuario a nivel de cabecera, que serviría para discriminar aquellos casos como los que planteas. Esto supone que hay casos en los que se factura en Pesos, como casos en Dólares. A través de este campo de usuario puedes ejecutar o asociar una búsqueda formateada en el campo precio, de modo que traiga el resultado deseado (la condición para que se aplique el cálculo sería el estado del campo de cabecera).
Para el punto 2, al señalar que no me parece que exista una opción por DTW, la alternativa sería simplemente trabajar el factor directamente en Excel, de modo que lo que se carga no es la lista de precios origen (a la cual le aplicarías el factor), sino que la lista de precios con el factor ya incluido. Para esto tendrías que agregar en el Excel una columna que haga las veces de factor.
Son las ideas que por mi parte, en función del requerimiento y de las limitaciones que entiendo propone SAP Business One, te puedo aportar.
Espero te sirva de algún modo,
Saludos,