Gracias Andreas. He añadido la nueva librería de jquery de la versión 1.9 a mi tema/md agregando la carpeta como src/customer/comp.theme/templates/jquery/lib
También cambié el head.begin.vm agregando la nueva versión.
He desplegado y aún muestra la versión anterior.
<script type="text/javascript" src="/loymain/javax.faces.resource/sap/comp.theme/templates/jquery/lib/jquery-1.4.2.min.js.jsf"></script>