Olá Pedro
Isso é descontado de acordo com o que foi salvo no cc-nom /31F período a período. Esse /31F é gerado pela configuração que você tem de acordo com a combinação das visualizações de configuração V_T554S com V_554S_G.
Se período a período, quando ocorre a incidência, não está sendo gravado pela configuração o /31F, ele não será descontado do 13º salário, mesmo que você marque essa opção no relatório.
A única maneira de descontar isso, caso não se acumule durante o ano, é criar uma folha de pagamento Off Cycle de ajuste para carregar esse /31F. Também é necessário revisar a nota
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Saudações Cordiais
Amilcar Caballero