Hola Pushpinder,
depende del tipo de mapeo que estés procesando:
1) mapeo gráfico: no es posible
2) mapeo xsl: utiliza <xsl:comment>
3) mapeo JAVA: Inserta un nodo de comentario en la estructura de destino
3) mapeo ABAP: Inserta un nodo de comentario en la estructura de destino
Saludos Mario