Olá Pushpinder,
depende do tipo de mapeamento que você está processando:
1) mapeamento gráfico: não é possível
2) mapeamento xsl: utilize <xsl:comment>
3) mapeamento JAVA: insira um nó de comentário na estrutura de destino
3) mapeamento ABAP: insira um nó de comentário na estrutura de destino
Saudações, Mario